朱允炆继位之后，龙椅还没坐热，就对诸多叔叔下手，采取激进的削藩政策。由于采取了先易后难的方针，给朱棣留了喘息的时间，朱棣借口"清君侧"，举起反抗的大旗。经过几年斗争，取得胜利，朱允炆落得个下落不明的下场。后人对"靖难"的评价，也是仁者见仁，智者见智。有人认为，朱棣是逼不得已，他发起靖难只是为了自保，只是拿回自己属于自己的东西。也有认为，朱棣是乱臣贼子，注定被钉在历史的耻辱柱上，永远无法洗刷。
其实，在明清时期，任朱棣如何掩盖，也逃不开一个"篡"字。因为古人受"忠义"思想影响极深，一切非法取得皇位的行为都会遭到舆论的攻击。得位不正，等于政权的合法性受到了质疑，对皇权的稳固是重大的威胁。朱棣登基之后，将建文党定为逆贼，大肆屠杀，正如他的臣僚所说："不以叛逆处此辈，则吾等为无名。"经过朱棣的镇压，朱棣在位时，自然没几个人敢说朱棣篡位的坏话。到了明朝中后期，朱棣篡位的传闻更多。因靖难而死的建文党，也被说成忠臣义士。
现代学者一般认为，靖难之役只是明朝内部为争夺皇位的流血战争，这场战争造成的流血和损伤是巨大的。
