葛尔丹兵败并不意味着准噶尔就失败了，清朝和准噶尔的战争一直持续到乾隆时期才彻底结束，为了应对和西北的战争，雍正更是设立军机处，专门负责西北军事。
清代康熙 、雍正 、乾隆三朝为统一西北地区与准噶尔贵族进行的多次战争，在清代文献中通称为平定准噶尔。这场战争，起于1690年(清康熙二十九年)，迄于1757年(清乾隆二十二年)，历经三朝，跨度70年，才最终取得了完全胜利，最终结果是准噶尔蒙古被实施了彻底的种族灭绝。
准噶尔只剩下一个地理名词--这是历史上人类有文字记载的最后一次成功而彻底的种族灭绝，可见这仇恨之深，忌惮之重。也正因为人都死光了，所以历史上这场浩大的灭国战争就变成了轻描淡写的"平定叛乱"。
