六年后的至元二十一年(1284年),宰相桑哥受贿被治罪,杨琏真伽受牵连被抄家,官员抄出宋理宗头颅制成的"嘎巴拉碗",送到了宣政院,此后被皇帝赏赐给帝师。
明太祖朱元璋灭掉元朝后,有一次举行宴会,大臣危素说起了杨琏真伽盗掘宋六陵的往事。
明太祖叹息良久,诏命北平(金属北京)守将从西僧汝纳手中,买回了宋理宗头骨制作的酒器,令有司官员将头骨安置在高坐寺西北。
第二年,绍兴官员把永穆陵图进献朝廷,明太祖再度下诏,将宋理宗头骨葬入故陵。
《殊域周咨录》记载:明太祖朱元璋大为感慨,对危素说:南宋诸皇帝没有太过失德,又和元朝没有世仇,元朝趁其虚弱取而代之,对帝陵为何又如此残酷破坏?
宋理宗头骨经历八十多年的颠沛流离,在洪武二年(1369年)被安葬回原处,明太祖朱元璋同时诏令,重新修复了宋六陵。