祖大寿跟随袁崇焕取得宁锦大捷后，皇太极把宁远及锦州攻不下来，就绕过那里，取道蓟门攻进长城，一直打到北京城下。袁崇焕没有办法，只好带着祖大寿等人，回援北京城。
那时候，崇祯皇帝已经对袁崇焕起了疑心，不准军队进城。袁崇焕只好在城外驻扎和皇太极决战，把皇太极打败。皇太极打不赢，便散布谣言，说袁崇焕投敌；同时，与袁崇焕有矛盾的满桂，也诬告袁崇焕的军队炸伤他；接着，魏忠贤的余党也诬告袁崇焕。于是，崇祯命袁崇焕进去见他。袁崇焕带着祖大寿进去。刚进去，崇祯就把袁崇焕抓了起来。当时祖大寿吓得发抖。出城来后，没过几天，就吓得带着军队逃回了辽东。
当时，恰好满桂在皇太极的攻击下，全军覆没，因此，崇祯才发现问题的严重性，让祖大寿的老领导孙承宗把祖大寿叫回来。可是，祖大寿怎么敢回去呢，于是他一直不动。
皇太极了解到这种情况，在大凌河城把祖大寿围困起来。祖大寿是仓促守城，粮草不足。很快粮食就吃光了，接着杀马吃，接着杀城中老百姓吃，这样一直坚持了三个月，皇太极也是反复不断地劝降他。不过，祖大寿都不为所动。
