但章惇不为所动，他仍然在朝堂上与保守派据理力争，指责司马光引进官员破坏程序正当性，与司马光就免役法当不当废的问题展开辩论。他最终像坚守变法的蔡确等人一样，被贬出朝廷，在元祐8年间，无缘重返朝廷。
宋哲宗亲政后，绍圣元年（1093年）四月，召章惇为相。重返朝廷核心的章惇，第一件事就是追究已故的司马光、文彦博等人向西夏割地求和的罪责，同时停掉每年给西夏的岁赐，命章楶修筑城寨，加固边防。5年后，章楶在平夏城大败西夏人，使得西夏"不复能军，屡请命求和"。
而此时，章惇最主要的任务是，恢复了被司马光废除的熙宁、元丰新法，重新举起了王安石变法富国强兵的旗帜。虽然最终不能救大宋于危亡，但他的努力，让北宋有了一次炫目的回光返照。
自始至终，章惇都是变法革新的坚定人物，不改初衷，得失坦然，在北宋摇摆和纷乱的政局中显得尤其可贵。
更为难能可贵的是，在章惇为相的7年间，他没有像司马光当年对新法赶尽杀绝一样，对元祐时期的做法进行一刀切的否定。相反，他能够稍微放下党争和报复的不理性，实事求是地保留了元祐时期一些切实可行的法令。
