屡战屡败后，方腊带领义军残部退守帮源峒，以求自保。数月后，也就是宣和四年（公元1121）三月，方腊的义军彻底失败。
方腊的下场很简单：起义失败后，方腊及其妻邵氏、子方亳（二太子）、丞相方肥等三十多人力竭被俘，解往汴京，宣和三年八月二十四日方腊在汴京被宋徽宗下令斩首示众。
在《水浒传》原著中，是花和尚鲁智深擒住了方腊。而在《水浒传》电视剧中，是武松单臂擒住了方腊。这些显然都是演绎出来的。
历史上，真正抓住方腊的应该是韩世忠。据《续资治通鉴》记载："世忠潜行溪谷，问野妇得径，即挺身仗戈直前，渡险数里，捣其穴，格杀数十人，禽腊以出。"
