武德九年（626年），李世民唐太宗登基。李神通即使没有从龙之功，但也因为他的资质在那，毕竟他可是皇帝的叔叔，所以在九月的分功晚宴上，李神通因为房玄龄、杜如晦这些人的奖赏多于他，而感到愤愤不平，毕竟他可是响应起义第一人。意图以过往的情意和与帝王的关系求取封赏。但唐太祖是义正言辞地拒绝了自己的叔叔，唐太宗李世民道"皇叔是皇亲国戚，朕对您好，但是朕不可能将您的屡战屡败与那些真正有功之臣一起封赏，况且您当初起义是因形势所逼，不得不起义"，李神通这才羞愧的断了封赏的想法。安安分分的做着他的皇亲国戚。
贞观元年（627年），皇恩浩荡，李神通又加官进爵，被封为仪同三司，成为政坛上的显赫之人。世事难料，贞观四年（630年），他逝世于长安，享年四十五岁。李世民感其过往，追封李神通为司马，赐靖。
李神通大智若愚，虽没有经世之才，战事之功，但也因此没有像过往的战神一般功高盖主，反而自然老死，还得了个司马的尊称。
