周遇吉因为体力不支，然后被守卫军的人抓住，李自成也因为周遇吉而恨得咬牙切齿，这一次抓到周遇吉之后他也打算狠狠的整治他一番，必不会便宜了他。战斗到了这时，关于周遇吉的结局就有了两种版本。
第一种版本是，李自成下令在宁武城大开杀戒，这些人包括李自成全部被斩杀。还有一种版本是周遇吉到李自成大营去破口大骂，随即被李自成斩杀掉。起初，人们对于周遇吉的做法也是疑惑满满，但是后来，一位名叫马守备的宁武之战亲历者讲述了事件的具体细节，大顺军在攻城的时候说，如果周遇吉死掉，那么这一整个宁武城便可以免于杀戒，所以李自成为了拯救这一城无辜的人们，便自动去献身。
周遇吉墓在被后人们迁葬时，人们根据墓中的头骨进行了分析鉴定，考古专家确定这是周遇吉本人的头骨，并且根据头骨上面长达13厘米的刀口，再结合刀口的深度，可以判断周遇吉是被斩首的。
