在水浒传里，方腊也被设计称了最后的大BOSS。水泊梁山的好汉们在招安之后，一路平定田虎、王庆，又击败大辽，然后南下征方腊。在征方腊的过程中，一向毫发无损的梁山好汉们损兵折将，到最后只剩下二十多人活着回来。而方腊则在与武松的激战中，先砍断武松的一条胳膊，又被"武松单臂擒方腊"。
在倚天屠龙记里，同样记载了方腊的事迹。因为方腊发动群众的"摩尼教"中的"摩尼"二字，意为"光明"，而"摩尼教"实际上就是大名鼎鼎的"明教"！是大内高手黄裳率领官军，攻入明教，单挑杀了几个法王、光明使者后擒拿下方腊。黄裳后来被大半个江湖追杀，结果被迫隐居，为了报仇钻研出了绝世武学《九阴真经》。
宋朝官方记录中，方腊是被童贯麾下大将辛兴宗所擒--这个辛兴宗不但参加过征方腊、征辽战役，宋室南渡后还一度是"四大将"之一。不过当时的四大将是"刘韩张辛"，后来"辛"被精忠报国的岳武穆替换，变为"张韩刘岳"。
