朱元璋从始至终都在南京做皇帝，去世后其陵墓被安置在南京，因此明太祖的陵寝不在十三陵的范围之内。
建文帝
朱元璋死后，皇位由太孙朱允炆继承--即建文帝。建文帝在位只有四年时间，就被燕王朱棣发动叛乱推翻。在混乱中，建文帝下落不明。从后续朱棣的反应来看，可以确定建文帝并非死于朱棣之手，但朱棣也不确定建文帝究竟是否逃出生天。
建文帝失踪后，从南京皇宫中找到两具烧焦的尸体，朱棣坚持认为这是建文帝夫妇的尸体，并按照皇帝礼仪安葬建文帝后的尸体。不过，当朱棣坐稳皇位以后，宣布废除建文年号，将建文时代的纪年，改用洪武纪年--即法理上否定建文朝廷的合法性。而也因此，建文帝的陵墓也随之成为无人管理的孤坟，到明末，已经没人说得出建文帝的陵墓到底在哪了。
