但是这样的好时光并不长，在1644年的时候，李自成准备攻打山东，朱以海只好逃离了山东开始南下。在6月份的时候，弘光皇帝上位，但是没坚持一年也被清兵打败了。就这样明朝又失去了一个皇帝，这时候他们需要一个一国之主。但是很多的明朝的藩王什么的都跟清军投降了，只有朱以海跟一个唐王出来反抗。
朱以海当时在浙江一带担任监国，他准备整理好以后再第二年再登基上位，但是有一个尴尬的问题就是，唐王已经在福建的一个地方先一步称帝了，所以他上位也没有什么意思，就这样他第一次与皇位擦肩而过。
后来因为心有不甘，所以朱以海多次跟唐王发生了摩擦。他们两个都消耗了不少的兵力，后来唐王败了，但是朱以海自己精力也减少了不少，又继续逃到了舟山。但是在此期间，又一个皇帝在西南上位了，当时为了安慰鲁王，皇帝就让朱以海以监国的名义继续抗清。
在1661年的时候，这个皇帝死在了吴三桂的手里，明朝又没有了一国之主。但是当时朱以海病重，所以他又一次与皇位擦肩而过。就这样朱以海以监国的身份，一直坚持抗清十八年。
