所以，当朝廷高层收到尹昌隆的这份奏折后，为了不惹建文帝生气，就没把这个奏折交到建文帝的御桌上。
接下来，建文帝的战略方式屡次出现错误，李景隆更是不堪大用，朱棣逐渐掌控了局势。建文四年，燕王朱棣攻入南京，方孝孺、齐泰等一批建文帝旧臣被诛杀。朱棣登基后，为了彻底肃清建文余党，命人写了一份"奸臣"名单，然后派人名单上的人和其家人一一问斩，很不幸，尹昌隆的名字也在这份名单上。
尹昌隆身为朝廷小吏，被朱棣派人抓捕，连审问都没有，全家都要被执行死刑。尹昌隆惊惧万分，临死前，尹昌隆想起了3年前的那份奏折。《明史纪事本末·十六》记载：
