史书记载的最后倭寇，是在明天启年间，此后倭寇的活动开始减少。
倭患之所以消失，这与当时日本政府颁发的一系列政策有关。16世纪末，17世纪初日本结束了室町时代，到了德川幕府时期。这一时期，日本国内的斗争基本结束，为了很好的统一日本，管理日本，德川幕府对外实行锁国政策。严禁日本人与外国贸易，禁止日本与海外交往，甚至把外国商人和传教士驱逐出境。
由于德川幕府在统治日本的的时候一直奉行锁国政策，这也让明王朝头痛不已的倭患日渐消亡。1868年德川幕府垮台，这时的我国也到了清王朝末期。
这也就是为什么，影响了明朝百年的倭患，到了清朝就突然消失了的原因。
