南方士子对科举的垄断也引起了北方士子对元朝科举的怀念，《元史·选举志》记载蒙古人录取倒是干脆，就是所有地区平均分：从各地选三百人赴会试，中选者一百人，蒙古、色目、汉人、南人各二十五人，另外会试的三百人中，汉人和南人也是各占七十五名平均分配。前后对比如此明显使得朱元璋忧心忡忡，他考虑到"北方人士服属于元较久，虑遗民犹有故元之思，颇欲以假科举名以笼络之"，北方作为刚被平定地区，本来就对大明感情不深，更不能因为科举激化矛盾，所以刘三吾和朱元璋立场就有所不同，刘老先生考虑的是公平选拔，为国取士，而朱元璋更看重如何笼络北方文人，稳定国家，所以这场"南北榜案"就是朱元璋站在天下的角度牺牲了刘三吾这些主考官，刘三吾"不悟太祖之意，致有此祸"。
（杨士奇表示我真是个机智的少年！）
但这场"南北榜"只是安抚北方士人的临时性举措，之后洪武朝的科举依然是按照老办法录取......可见老朱自己也明白强行提拔北人士子并非解决南北教育差异之道，但就人才选拔来说，既要考虑到政治维稳，又要考虑到地区均衡，那该怎么处理呢？朱元璋和朱棣都没想到好办法，还是明仁宗时期名臣杨士奇想了个办法：采用南北卷来考试，所谓"南北卷"，就是指在考生试卷上根据户籍标记"南"字或"北"字，主考官根据考生的户籍评判相关成绩。
明仁宗就对南北卷做出了详细指示："科举之士，须南北兼取。南人虽善文词，而北人厚重，比累科所选，北人仅得什一，非公天下之道。自今科场取士，以十分论，南士取六分，北士四分。尔等其定议各布政司名数以闻。"也就是说以前每次科举北方士子录取比例只有10%，这实在是不公平，所以现在对录取制度进行调整，每科录取人数为南方录取60%，北方则录取40%。
随后明宣宗登基又把南北卷细化为南、北、中三卷，北方卷的适用范围包括北京、山东和陕西、山西等地区，而中卷则是四川、广西和云贵地区，其他都被设定为南方卷，录取比例为南卷占55%，北卷占35%，中卷占10%。
不得不说南北卷制度在一定程度上完善了科举制度，它使得各个地方利益能够得到妥善安置和均衡，并且在巩固国家稳定统一方面发挥了重要的作用，所以南北卷制度对后代影响极为深远，不但清朝对此完全继承照搬，即使是今天咱们的高考分卷、高校各省招生人数名额也有它的影子。
