面对这场亲戚间战争，一面是年长自己十八岁的四哥燕王，一方面是比自己还大一岁的侄子皇帝，此时身为大宁军队最高统帅的朱权竟然选择了"中立"，而不是趁机夺取天下。理由很简单，不管谁赢谁输，自己都不会吃亏，最好是两败俱伤，也许还能渔翁得利。可是狡猾的朱棣在起兵清君侧之时，就将目光投向了大宁方向。大宁驻军有"带甲八万，革车六千"，特别是还有一支骁勇善战的蒙古朵颜三卫骑兵。朱棣对这支军队是既喜欢又惧怕，如果这支军队拥护他起兵，那么他可以平定天下；反之如果拥护朝廷，与朝廷南北夹击，后果不堪设想。
公元1399年，燕王朱棣率领燕军经小路到达大宁城下。朱棣单骑入城，见十七弟宁王朱权后，哭诉自己无路可走，穷困至极，向朱权求救，希望能宁王能向朝廷上书求情，谢罪免死。也许还是年轻的缘故，朱权竟然相信了这个四哥的话。朱棣暗中派遣手下入城结交交结朵颜三卫首领以及大宁驻军将领，贿赂金钱、封官许愿不在话下。
随后朱棣提出告辞，朱权亲至郊外送行，结果燕军伏兵尽起，大宁守军纷纷倒戈。此时朱权无奈之下只能追随随朱棣前往北平。就这样朱棣将朱权以及手下的八万精兵纳入麾下。宁王朱权加入燕军后，时常为朱棣草拟檄文，参与谋划；再加上他的本身的地位、军中的势力，在当时燕军中，是仅次于朱棣的二号人物。为此朱棣对这个十七弟许下一个承诺，事成之后，当中分天下。
此后如虎添翼的燕军越战越勇，经过浴血奋战，朱棣最终于1402年攻入帝国的心脏南京城。朱棣登基即位后，患上了一种病--选择性健忘症，似乎忘记了当年对宁王朱权平分天下的诺言。其实经过这么些年朱权早已看透这个四哥的为人，也许当年他就明白朱棣只是给他画了一张"饼"而已。他并不奢望平分天下，只希望自己的封地能好一些，毕竟随朱棣打了这么些年的仗，没有功劳也有苦劳。于是朱权请求改封南方。当他要求苏州时，朱棣回答："苏州属于畿内。"当他要求钱塘时，燕王则说："先父将它赐给五弟，终无结果。建文帝无道，在钱塘封其弟为王，也未能享受。建宁、重庆、荆州、东昌都是好地，你随意选择吧。"宁王朱权最终被改封到了南昌。到达南昌后，朱棣下令将原有的陈旧窄小布政使司改为王府。其实按照明朝的规制，王府应该是很大的，结果朱权一大家人住进了布政使司，刚开始还好，但到后来添丁增口，有些人只能去外边寻房子住。到不久之后，又有人告发朱权巫蛊、诽谤，为此朱棣派出了大量锦衣卫侦查，结果查无此事，但朱棣却加紧了对宁王的监视。
明仁宗时期，法禁稍有缓解，朱权乃上书说南昌并非他的封国。仁宗回信说道："南昌，叔父从先皇那里受封已达二十余年了，不是封国，那又是什么呢？"明宣宗时期，朱权请求明宣宗将靠近南昌城的灌城乡土田赐给他，后又议论说宗室不应确定品级。明宣宗十分生气，对朱权颇有指责之意。朱权便上书谢罪。当时朱权年纪已老，整日与文学士互相往来，寄托自己的远大志向。明英宗正统十三年（1448年），朱权去世，时年71岁。宁王朱权临死之时会不会想起，如果不是当时保持中立，而是趁机夺取天下，那又是什么样的结局呢？
