按照历朝历代的惯例，开国皇帝通常称"太祖"或"高祖"，而功勋卓著的"皇二代"们，多称"太宗"，比如汉太宗（刘邦之子刘恒）、唐太宗（李渊之子李世民）、宋太宗（赵匡胤之弟赵光义）。作为明朝的第三任皇帝，朱棣死后的庙号同样也是"太宗"，至于我们如今熟知的"成祖"，则是由嘉靖皇帝后改的。
对于这个问题，网络中多有讨论，最广为流传的说法是：
正德皇帝无嗣驾崩，皇位传给了堂弟嘉靖皇帝。大孝子嘉靖登基后，一心要把自己的亲爹兴献王搬进太庙供奉，但按照礼制，明朝太庙只供奉9位皇帝，满了则要"亲尽则祧"，即按照与现任皇帝的血缘远近，把最远的那一位"祧"出太庙正殿，供奉在太庙后殿，但称"祖"的皇帝享受"万世不祧"的待遇。
嘉靖在位期间，太庙刚好满员，如果要把兴献王以皇帝身份请进太庙，则必须"祧"出血缘最远的一位。朱元璋是"太祖"，不"祧"，所以被"祧"的自然是朱棣。
