陕甘总督这一职位，从明代嘉靖年间开始设置。清朝入主中原后，依旧延续这一职位，从顺治二年开始设陕西三边总督，兼辖甘肃（含今宁夏和青海西宁等地），总督府设立于西安府南院门。
自此，这一职位成为清朝后来九位最高级别的封疆大吏之一。
（晚清甘肃兰州老照片）
陕甘总督正式官衔为：总督陕甘等处地方提督军务、粮饷、管理茶马兼巡抚事，主要职责是"掌治军民，总制文武，察举官吏，修饬封疆"。级别为正二品衔。从顺治朝开始到宣统朝结束，经历140多任。
陕甘总督除了掌管军务、政务，还兼任巡抚的职位。这在全国其他地方是不多见的。
清朝前期，在九大总督当中，陕甘总督这一职位比闽浙总督的地位还要低一截。后来随着太平天国后湘军将领在朝野的势力增强，才水涨船高。从左宗棠开始，陕甘总督的地位，仅次于直隶总督和两江总督，上升为前三。
康熙五年（1666年），陕甘总督改名山陕总督，辖晋、陕、甘三省，衙门署继续设在西安府。之后辖区内增加了四川，改称川陕总督，总督府也被搬到汉中。在去掉四川、加了山西后，总督府又搬回到西安。
直到乾隆朝，才正式把陕西、甘肃划归一体，交由陕甘总督负责。到光绪年间，陕甘总督的辖区里又增加了新疆。
在满清能够担任陕甘总督的人，是有条件的。因为它的管辖区地处西北，连接新疆和巴蜀，是边塞防御的重要屏障。如果不是可靠人选，皇帝在北京城难以安心。在最初的顺治年间，陕甘总督一职基本是由汉军旗人担任。
康熙时期，朝廷将陕甘总督划为"满缺"，意思就是只有满族旗人官员才能担任。因为平定三番后，天下仍然不安稳。康熙皇帝认为："边塞地方必兼用旗员，方有裨于政事"。
从雍正皇帝开始，才逐渐兼用蒙古、汉人担任陕甘总督。到乾隆时期，陕甘总督中的汉人的比例开始增多。
