然而正是这个身体有了残疾的妻子，接下来陪着朱祁镇熬过了七年的软禁生活，他们被囚禁在南宫里，与外界几乎没有任何接触。朱祁镇只能日日唉声叹气，好在钱氏软语慰藉，稍稍抚慰了朱祁镇的心情。在他们最困难的时候，钱氏带着南宫仅有的几个宫女赶制绣品来补贴口粮。这七年的日子虽然艰难，但因为朱祁镇就在身边，钱氏倒是乐观的很，只要一家人好好的，就没有过不去的坎，但钱氏身体上的损耗让她彻底与孩子无缘。
1457年，朱祁钰病重，朱祁镇复辟成功，钱氏重新成为皇后，然后在这其中却还是出现了一个小插曲，即钱氏没有孩子却身体出现了残疾，因此有太监竟想要鼓动立太子的生母周氏为皇后。虽然最终被朱祁镇压了下去，但这确实是钱氏命中的劫数，一旦朱祁镇不在了，钱氏的结局可想而知，正是因为想到了这一点，1464年，朱祁镇在弥留之际，交代给李贤一件关于钱氏的大事：
英宗大渐，遗命曰："钱皇后千秋万岁后，与朕同葬。"大学士李贤退而书之册。
朱祁镇希望在他之后，钱氏依旧能够被尊为太后，并在将来和他合葬一处。不过这个遗诏最终还是没有实现，在宪宗初继位的时候，宪宗的生母周氏就想着自己独自做太后，最终在李贤等大臣的坚持下，钱氏的太后之位尊于周氏，这让周氏非常不爽，但其实钱氏已经不怎么在意，朱祁镇已经不在了，她活着其实已经没有什么意义了。
她唯一想的就是能够和朱祁镇合葬，只是有周氏在，钱氏的这个愿望即便有朱祁镇的遗诏也无法实现。李贤为了不辜负朱祁镇的嘱托，一度提议在修建裕陵的时候建三个墓室，但被周氏断绝，她的儿子是皇帝，她要从长计议，她不允许钱氏合葬裕陵。
1468年，钱氏去世，合葬之事引发了朝廷的大地震，宪宗和周氏不同意钱氏与朱祁镇合葬，而以李贤和彭时为首的官员坚决支持朱祁镇的遗诏，毕竟钱氏才是朱祁镇的嫡妻。在抗不过百官的抗议之后，宪宗决定让钱氏合葬裕陵，只是周氏还是有先见之明，已经在墓室中动了手脚，最终使得钱氏不能合葬裕陵，只能做到神主祔了太庙，这不能不说是一个遗憾。
