朱棣一生打过无数次的仗，死后成为入祀太庙的第二位皇帝。他入祀太庙自然少不了陪祭的武将，尽管他做了皇帝后还征战不休，其间涌现出的战将如云，但能够跻身太庙陪祭的武将却全部是在靖难战争中建功立业的。
在参加靖难战争的燕军将士中，入祀太庙的有张玉、朱能与王真这三员武将。这三人被视为诸将中最符合儒教纲常伦理的名臣。除了三位武将外，还有一位入祀太庙的文臣，他是姚广孝。他们都获得了推崇以儒教治国的新朝廷的高度评价。他们的牌位在被儒教徒视为圣地的太庙中占有一席之地，一度成为那些效忠于新朝的士大夫们吹捧的对象。
而那些为捍卫建文帝的正统王朝而战的南军将士们，他们在战后地位尴尬，一些将帅的处境就像一句歇后语所说的，"猪八戒照镜子--里外不是人"。
耿炳文是首位北上讨伐燕军的南军主将。按照正史的记载他在真定战败后返回南京赋闲在家。朱棣上台后，朝中有大臣弹劾耿炳文胆大妄为，理由是其家中的衣服等日常用品上有皇室专用的龙凤等饰物。这员老将闻讯之后因恐惧而自杀。按这种说法，耿炳文的死与违法乱纪有关，不过，这很可能是有人故意用春秋笔法往其身上泼脏水，因为其死亡的原因可能另有隐情，当代明史专家顾诚先生在研究耿炳文的外甥黔国公沐晟写的墓志铭后，得出耿炳文战死于真定的结论，而建文帝为此痛惜不已，将其厚葬。朱棣称帝后则认为其葬礼规格过高有违礼制，命人将其坟墓予以毁改。本来，耿炳文殉国的行为，符合儒教传统的价值观，遗憾的是河山骤然变换主人，致使为国捐躯的老将死后也不得安宁，连坟墓也被政治对手改头换目，倍显凄凉。
