西征之前，成吉思汗已经巩固了对蒙古高原诸部族的控制。他曾几次发兵，征讨分布在大泽周围，直到也儿的石河（今额尔齐斯河）流域的各部"林木中百姓"。不仅如此，由于畏吾儿（今谭维吾尔）部和哈刺鲁部的先后归附，蒙古国的势力，当时业已越过阿勒台山。畏兀儿即回鹘，属于突厥语系的民族。九世纪中叶，由盛而衰的回鹘汗国被黠戛斯（吉尔吉斯）人消灭以后，一部分回鹘人迁往河西走廊各郡，就是所谓甘州回鹘、肃州回鹘、沙州回鹘等部，统一称河西回鹘，后来被西夏征服。一部分回鹘西徙至七河流域（今苏联吉尔吉斯共和国谢米列契地区），大约与居住在那里的突厥语系部族葛逻禄（即哈刺鲁）人结合了。
大多数回鹘人，则迁到天山东部的南北麓，并且成为当地的主要居民，而原先住在这里的各族居民逐渐与他们融合了。这一支回鹘建立的破权，以高昌（今新疆吐鲁番）为都，所以在宋代被称为高昌回鹘，元代史料则常以畏兀儿称之。它的势力，东自伊州（今新疆哈密）西至龟兹（元称曲先，即今新疆库车），北达今准噶尔盆地之边，南及鄯阐（今新疆罗布泊附近），与吐蕃相邻。西辽强大了以后，畏兀儿成了西辽的藩属。西辽在畏吾儿等藩属国家都派驻"少监"，监临其地。成吉思汗攻灭乃蛮部的时候，太阳罕的儿子曲出律勾结了膘悍的篾儿乞部首领脱脱和他的两个儿乎漏网出逃，他们盘踞在石河流域，想要与成吉思汗抗争。
一二零八年，成吉思汗命速不台和哲别，分别追袭脱脱和曲出律。脱脱战死，他的儿子忽秃和赤老温率领残部逃入畏吾儿境内。畏吾儿亦都护（意为"幸福之王"）巴而术阿而忒的斤拒绝收容他们，把他们打败后驱逐出去了。这时候，成吉思汗崛起子蒙古高原的消息已经越过荒漠旷野而西传。巴而术阿而忒的斤对西辽少监的颼迫凌辱和横征暴敛早巳痛恨万分。一二零九年，他命令部下将少监禁锢在哈剃火州（即高昌）的住所中，然后将房屋拆毁，把少监活埋在断壁碎瓦之中。他遣使者去进见成吉思汗，表示愿意归顺。成吉思汗要求亦都护亲自来见。
