公元1601年左右，努尔哈赤对这些部下进行了一次大规模的改造以及重建。并且将他们分别隶属于黄、白、红、蓝四旗。刚开始努尔哈赤本身是以黑旗为帜，后来他将黑旗军交给了自己的弟弟舒尔哈奇指挥，而自己则亲自统领红旗军。
后来随着吞并的部落越来越多，加上有很多蒙古部落也归属在努尔哈赤的部下。为了方便管理，努尔哈赤决定将红白黑三旗设为八旗。将原来的红旗分为正黄旗和镶黄旗；原来的黑旗分为正红旗、镶红旗、镶蓝旗；原来的白旗被分为正白旗、镶白旗、正蓝旗。
这八旗旗帜除了颜色上的区分之外，形状以及图案也有差别。正四旗的旗帜都是四方形，图案都是龙尾朝后，而镶四旗形状为五边形，红旗镶白边，而其他的三旗都是镶红边，龙首朝前。除了正黄旗和镶黄旗是属于努尔哈赤，其他的各旗旗主都是努尔哈赤的儿子或者是孙子。八旗子弟地位超然
而八旗子弟就是八旗后人，也被称之为"旗下人"。清军入关之后，这些八旗子弟几乎个个骁勇善战，而且与皇室血缘亲近，地位都很高。有的甚至当上了王公大臣、亲王、贝勒，哪怕一些混的不好的也成为了一名旗兵。
