其实是紧连着红丸案的，朱常洛吃红丸死后，朱由校即位。因为他母亲早死，从小一直带他的的西李选侍（比较低级的妃子）控制了乾清宫，与太监魏忠贤密谋当皇太后把持朝政，引起朝臣的极力反对。朝臣们要求李选侍移出乾清宫，李选侍要求先封自己为皇太后，于是矛盾日渐激化，后来诸大臣站在乾清宫外，伴读太监王安在宫内，一起驱逐，李选侍万般无奈，于是抱着所生公主离开乾清宫，此案议论颇多，后来成为派系斗争的代名词。
明末三大案都与朱常洛有关，同时也与明末的党派之争和皇位继承有关，这几个案件加速了明朝的衰弱，成为不可改变的事实。比如红丸案，最终这个案件的结果就是东林党得势，同时也使魏忠贤从此与东林党势不两立，当他上台后，进行了残忍的迫害，直到其倒台后才得以翻案。而当崇祯死后，当时的南明王朝又再一次以此案件作为题材挑起党派之间的斗争，一直到明王朝彻底灭亡才告终结。
