从宣德朝开始，历经正统、景泰、成化、弘治、正德、嘉靖等历代积弊，明朝的屯田制度已经彻底荒废。对于明朝军队的实际情况，万历朝的首辅张居正得出了这样的结论："古人云天下虽安，忘战必危。今承平日久，武备废弛。文吏钳制牟员，不逊奴隶。夫平日既不能养其精锐之气，临敌何以责其折冲之勇。"
鉴于军队各方面的问题，张居正进行了一系列的改革，明朝军队恢复了一定的元气。但是在张居正去世以后，由于保守势力的反攻倒算，张居正推行了一系列新法，几乎全部都被废除。随着明朝军队屯田的彻底荒废，各地的军队都需要依靠朝廷的供给，但朝廷的财政能力有限。因此在明朝统治的中后期，各地军队都出现了拖欠钱粮的情况，饥兵讨饷的情景屡屡出现。与此同时，在将领和豪强们的盘剥之下，很多基层官兵开始逃亡。
很多官兵甚至连家人都无法养活，自己穿得破破烂烂，全家饥肠辘辘，何谈为君尽忠？在明朝统治的末期，后金政权在东北地区崛起，朝廷不得不提高了赋税征收的标准，并且开始征收辽饷。各地的百姓根本无法承担，从而激起了大规模的农民起义。随着农民起义的爆发，明朝又开始征收练饷和剿饷，这就如同死循环。农民起义军越剿越多，官军越来越少。
随着农民起义军的不断壮大，很多明朝基层官兵，为了养活一家人，开始纷纷投靠起义军。这些官兵熟知明朝军队的实际情况和作战风格，起到了至关重要的作用。在明朝统治的最后几年，明朝将领们发现了一个非常现实的问题：起义军的阵型和战术，和明军非常相似。由此可见，农民起义军中已经掺杂了相当数量的明朝基层官兵。
