不过这也给后世留下了一个疑问，很多人都好奇朱元璋是否真正地被葬于明孝陵内呢？对此民间众说纷坛，有人认为朱元璋葬在了皇城宫殿下方；还有人认为朱元璋葬在了城西一座宫殿下方。这与三国时期曹操墓有异曲同工之处，其死后也是设下72座墓室，迷惑众人，让人们不知答案。不过随着科学技术越来越发达，考古专家凭此技术探索明孝陵，事情有了突破性进展。
很多专家表明明孝陵中很有可能便有朱元璋的尸首，这也是经过推断的。明孝陵的建造耗费了大量物资，且深得朱元璋喜爱的马皇后也葬在这里，凭此两点，朱元璋很有可能葬于明孝陵之中。虽然明孝陵已经屹立了600多年，任凭风吹雨打，不过雄伟壮观的地宫并没有遭到大规模破坏，这得益于明孝陵所处位置以及防盗手段。
明孝陵的设计与众不同，其与普通的陵墓是不一样的，内部墓道犹如长蛇弯曲，盗墓贼进入之后，很容易迷失方向，手足无措，最终只能作罢，空手而归。除此之外，为了防止盗墓贼打洞，建造明孝陵时也采取了相应的措施。盗墓贼若是打洞进入，便会被明孝陵中的鹅卵石掩埋，很有可能命丧于此。
且明孝陵的建造方式较为奇特，其自山体横向打洞，从而挖出一个地宫。这样的方法虽然费时费力，不过朱元璋作为一代君王，自然是有这样的资本。坚不可摧的山体有效地阻止了盗墓贼自山顶侵入，墓道作为唯一可以进入墓室的路线，却危险重重。虽然这样的做法无法抵挡炸药，不过明孝陵恰好处于南京城外，孙殿英不敢造次，若是使用炸药，恐怕会被人发现，后果可以想象。这也使得明孝陵保存至今，供专家考究，获取更多有价值的史料。
