由于蓝玉是太子妃的亲舅舅，所以蓝玉与朱标的关系非常近，而蓝玉一直将朱元璋和朱标视为自己的主子，蓝玉是太子派武将中的核心人物。
朱元璋有意培养朱标，将来传位于他，因此在下意识地帮助朱标建立属于自己的圈子，朱元璋将选中的武将基本都配备给太子朱标，一方面是为朱标建立威信稳固政权，另一方面是为了防止北元势力反扑，能够抵御北方外族入侵。
洪武二十四年，朱标受朱元璋命令到陕西巡查，结果朱标回到都城不久就生病了，次年4月，朱标病重不治而亡，朱元璋伤心欲绝。
太子朱标病亡对蓝玉来说也是分水岭，朱元璋再也没有心思容忍他的骄横跋扈。朱标在世时，朱元璋看在蓝玉对朱标忠心可鉴的份上，为太子长远利益考虑，姑且容忍蓝玉。
