李世民领军时期，尉迟恭、李勣等众多名将纷纷立下汗马功劳，但是反观之前英勇无比的秦琼，现在却像是霜打的萝卜一样总是生病。李世民有一次带着一位非常出名的太医去给他看病，秦琼只能表现的虚弱无力，咳嗽连连，太医诊断不出病因，决定给他熬几副中药养养身子，但等太医刚一扭脸，秦琼立马让儿子把药给倒了，并说："快把这药汤倒了！"，他知道李世民不会成心害他，但他也知道自己根本就没有生病，喝着汤药也是白受罪罢了。在秦琼装病的第七年起，他再也不用每天费尽心思的去装病了，因为他的身体真的出现了状况，并且病得十分严重，还没到五年时间就已经逝世，最后李世民将秦琼的画像供奉在了凌烟阁，以供世人瞻仰，但是他在凌烟阁中的位置却排在了最后一位，可见在李世民登基之后，他并没有带来多大的功绩。
由于新唐书和旧唐书的说法不一，所以现在也无法证实当时秦琼是否加入玄武门之变，但如果秦琼真的站在李世民这边，全力帮助他打败李建成，那他也不会被排在凌烟阁的最后了。
秦琼之所以在玄武门之变之后就一直装病，是因为当时他选择了中立，加上他李世民统一唐朝已经开启了一个新的篇章，秦琼也只能算是前朝旧臣，并且在他的心中一直都是忠于李渊的，装病也未尝不可，家族荣誉和富贵都已经有了，只有这样安分守己才是最安全的。
