水下探摸
为进一步摸清长江口二号古船的性质和年代，在国家文物局的高度重视和具体指导下，从2016年开始，上海市文物局牵头组织国家文物局考古研究中心、上海市文物保护研究中心、国家水下文化遗产保护宁波基地和武汉基地、交通运输部上海打捞局、上海大学、福州市文物考古工作队等国内专业机构，每年对该沉船遗址进行水下考古探摸和多学科研究。经过六年多水下考古调查勘探，初步探明了长江口二号古船的基本情况。
长江口二号古船为木质帆船，确认年代为清代同治时期（公元1862-1875年），所在水域水深8-10米，船体埋藏于5.5米深淤泥中，横向左倾约 27°。古船残长约38.5米、残宽约7.8米，已探明有31个舱室。沉船上部的尖艏、揽桩、主桅杆、左右舷、上甲板等结构完整。从目前的勘测情况看，古船船型疑似为明清时期在上海水上运输广为使用的平底沙船。
通过选取前后其中4个舱室进行了小范围的清理，均发现舱内有码放整齐的景德镇窑瓷器等精美文物，已经出水完整或可修复的文物种类多、数量大。另外，在船体及周围还出土了紫砂器、越南产水烟罐、木质水桶残件、桅杆、大型硬木船材、铁锚、棕缆绳、滑轮、金属钻头、钻杆以及黑色矿物等大量文物。2021年7至9月，上海市文物局再次组织水下考古专业机构对长江口二号古船及周围进行了水下调查，清理出了前几次调查未发现的元代瓷器和高60厘米完整的豆青釉青花大瓶等大型整器。特别是古船中部分出水瓷器底书“同治年制”款，为古船的断代提供了重要的依据。
价值意义
长江口二号古船，是继35年前发现的广东宋代“南海一号”沉船之后，中国水下考古又一里程碑式的重大发现，是目前国内乃至世界上发现体量最大、保存最为完整、预计船载文物数量巨大的古代木质沉船之一，是弥足珍贵的文化遗产，具有极其重要的历史、科学和艺术价值。
考古工作是展示和构建中华民族历史、中华文明瑰宝的重要工作。经过几代考古人接续奋斗，我国考古工作取得了重大成就，延伸了历史轴线，增强了历史信度，丰富了历史内涵，活化了历史场景。长江口二号古船的发现，充分体现了考古工作以物论史、以史增信的历史意义和现实作用。
从全国层面看，长江口二号古船为我国这一历史时期大型木质沉船的发现填补了重要空白；为“海上丝绸之路”和长江“黄金水道”的研究提供了重要实证；为“一带一路” 、“海洋强国”和长江文化的建设充实了重要内涵；为“海上丝绸之路”联合申遗增添了重要砝码。
从上海层面看，长江口二号古船是近代上海作为东亚乃至世界贸易和航运中心的实物见证，为上海这座国家历史文化名城丰富了文化内涵；为上海强化“四大功能”、深化“五个中心”建设、提升城市软实力增加了文化自信；更为打响“上海文化”品牌、擦亮“江南文化”名片充实了文化资源。
从学术层面看，长江口二号古船保存完整，船载文物丰富，对中国乃至世界的造船史、科技史、海交史、陶瓷史、经济史等学科的研究具有十分重要的科学价值。
从技术层面看，长江口二号古船的水下考古工作在零能见度的环境下取得了关键性技术突破和成果，对全球开展河口海岸复杂浑水水域的水下考古研究提供了新方法，开辟了新思路，树立了世界浑水水下考古技术的新标杆，是中国水下考古迈入世界一流水平的重要标志之一。
打捞迁移
近几年水下考古调查显示，长江口二号古船受水流冲刷严重，特别是随着长江口水势流向改变，河床由淤积转变为快速下切，致使古船加速露出河床表面，船体面临严重安全威胁。
为防止长江口二号古船遭到自然与人为破坏，专家建议需尽快打捞出水并移入固定场所进行考古发掘、文物保护、研究及展示利用。目前全球水下沉船考古的打捞方式主要有三种：一是提取船上文物后拆解打捞沉船；二是采用围堰抽水进行考古发掘后再打捞沉船；三是特制沉箱将沉船、文物与其周围海水、泥沙按照原状一次性吊浮起运整体打捞。
由于长江口水体浊度极高，水下能见度几乎为零，平潮工作时间又很短，无法完成科学的水下考古测绘、拍照作业；水下考古和建造围堰所需时间和成本巨大，围堰后考古还将长时期阻碍航道。而整体打捞则能以最短时间、最小成本、最大程度保留历史信息迁移沉船。因此，上海市文物局在充分听取专家意见，评估沉船面临的风险，综合分析三种考古和保护方式，报经市委市政府和国家文物局同意后，决定对长江口二号古船采取整体打捞的方式，最大程度保护好这一珍贵的水下文化遗产。
2021年10月，国务院办公厅印发的《“十四五”文物保护和科技创新规划》中，将长江口二号古船列入中国水下考古重大项目。这是时隔15年后，我国再次对水下古代沉船开展整体打捞。此前，“南海一号”于2007年12月整体打捞出水、轰动世界。
如何针对长江口二号古船及其周围环境的特殊性，制定最科学、最安全、最高效的整体打捞方案?上海市文物局联合交通运输部上海打捞局等专业机构开展研究，多次分析借鉴广东“南海一号”整体打捞经验。由于长江口泥沙含量高且水流速度快，此次水下沉船打捞无法使用“南海一号”的整体打捞方法。
