八月，朱允炆以太祖旧将耿炳文（擅长于防守）为大将军，率师30万伐朱棣。先锋抵雄县，为朱棣所袭，9千人全部战死。复战于真定（今河北正定），又大败。朱允炆遂以勋戚李景隆代耿炳文，调兵50万伐燕，筑垒九门，围攻北平。十月，朱棣亲自率精骑袭大宁，执宁王朱权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵（相当于雇佣兵，均为蒙古骑兵，战斗力极强），兵力骤增。李景隆乘虚攻北平，但不能克（朱棣长子朱高炽镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城）。燕王师自大宁返回后，于郑灞大破李景隆军。
建文三年（1401年）底，有内臣自京师告密，朱棣得知南京空虚可图，决计改变战略。建文四年（1402年）正月，朱棣率师南下。四月，连破何福、平安师，五月克泗州、扬州。建文帝遣庆成郡主至燕师，乞割地求和，燕王不许。
建文四年（1402年）六月，江防都督陈瑄以舟师降燕，燕师渡江，下镇江，直逼南京。谷王朱橞与李景隆开金川门降，南京城陷，宫中火起，朱允炆不知所终。
