清廷初成，八旗兵力不足，对付农民起义军和南明小朝廷的反抗颇为烦恼，所以不得不借助吴三桂等人的力量。也正是这样，三藩势力在无形中成长，其中以吴三桂为首的势力最大，权利、兵力远超过当地官员，清廷受到了严重的威胁。当时三藩掌管整个南方，从兵力上来讲就是对清廷的一个巨大威胁。玄烨在朝议不决的情况下，果断地作出决策:下谕允准吴、耿所请，令三藩俱撤。他早已料到吴三桂蓄意反叛，所以明确地指出:"三桂蓄异志久，撤亦反，不撤亦反。不若及今先发，犹可制也。"他决心去迎接一场艰巨的斗争。
七月吴三桂上书请求撤藩，康熙皇帝欣然同意，然而仅仅四个月之后，吴三桂便举起了反清复明的大旗，与清王朝决裂，此时的康熙才反应过来吴三桂请求撤藩是为了麻痹自己。吴三桂原来以为朝廷会挽留他继续留镇云贵，哪知九月间朝廷使节到达昆明，向他传达的却是撤藩令。吴三桂经过一番紧张的军事部署，于这年（康熙十二年）十一月二十一日公开举起了叛旗。他认为自己久经战阵，兵众将勇，多百战之余，非入关后已渐失锐气的八旗兵所能对抗。
