当时袁崇焕甫担大任，为避免掣肘，请求崇祯皇帝先后取消辽东巡抚和登莱巡抚的建制。毛文龙在皮岛拥兵自重、调遣不灵，袁崇焕此举，应当主要出于事权统一的考虑。
袁崇焕虽然也承认“东江一镇，乃牵制之必资也”，但他擅杀毛文龙一事及事后的布置，显得对这一地方的重要性估计不足。东江为皮岛别称，靠近鸭绿江入海口，介于辽东、朝鲜和登莱之间，毛文龙兵强势壮，能从海上形成对后金的有力牵制，时人誉之“海上长城”。
毛文龙死后，清军少了这一后顾之忧，同年十月，皇太极率兵与漠南蒙古诸部，绕开袁崇焕在宁远、锦州一带的防御线，从喜峰口以西防御薄弱的长城边隘打开缺口，长驱直入，威胁北京，酿成“己巳之变”。袁崇焕也因此被逮下狱，至罹极刑。
关于这一时期处置的失当，王在晋这样评价：“向使袁崇焕不使吊通奴，西夷必不复叛，夷不叛则西路不可行；不杀岛帅则奴顾巢穴，必不敢长驱而入犯。”作为袁崇焕的政敌，王在晋的说法不无偏见，但袁崇焕的一些“盟友”们，同样也未能给出合理解释。
可以说，即便袁崇焕不死，其生前杀毛文龙之举，也是辽东战略版图上明廷的一大bug。
《明史·袁崇焕传》中，有“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣”之语，然而这是后人的评断，不仅崇祯年间之人不会做此想，在许多经历明清易代之人的笔下，也鲜有这样的论断。
随着皇太极“反间计”被证实，以及乾隆、嘉庆两位皇帝对其褒奖，清代中期，袁崇焕被塑造成“孤忠之臣”，但此时对其评价中仍存在不同声音。真正将此人与“国运”联系起来的，则是清末康有为、梁启超等人。
袁崇焕死后不久，明末清初人士对他褒贬不一
明末清初，由于史实尚不清楚，各家记载也不统一，但大多为持中之论。《明季北略》关于袁崇焕的记载一共四则，分别为天启年间守宁远、崇祯元年陛见提出“五年复辽”、谋杀毛文龙、被逮论死四事，并且详细记载当时京师出现“百姓怨恨，争啖其肉，皮骨已尽，心肺之间叫声不绝，半日而止”的奇闻。谈迁在《国榷》里几次论及袁崇焕之事，也只是为其鸣冤，认为以“通敌论死”不公。
此外，还有较为极端负面的评价。张岱在《石匮书后集》为袁崇焕作传，毫不客气地指出此人：
短小精悍，形如小猱，而性极躁暴，攘臂谈天下事，多大言不惭。而终日梦梦，堕幕士云雾中，而不知其着魅着魇也。五年灭寇，寇不能灭而自灭之矣。
