有人说即使南京作为京城，也可以派手下大将驻守边疆，防范蒙古入侵。朱棣虽然可以这么做，但是他又能把军权放心的交给谁呢？如果首都还在南京城的话，朝廷的军队大部分会驻守在南京附近，长途调兵不但容易贻误战机而且后勤保障也是个十分沉重的负担。而且北京地势险要，向南通过大运河可勾连中国的南部地区，北方则可以辐射到蒙古草原和东北地区。
其次，由于南京城地处江南地区，地方势力错综复杂，豪绅大族和朝廷官员勾结串通，严重阻碍了朱棣的政治改革。而直接迁都北京，更是对他的父亲的朱元璋"徙富民政策"的完美贯彻。虽然在朱棣登基以后，江南的各家政治势力已经向朱棣低头，但估计在朱棣心里认为这些人其实是"不可用"的。
虽然在当时看来朱棣有不得不迁都的理由，但事实上迁都北京不但遗患无穷，而且影响相当深远。首先，虽然将一国天子至于战略要地，表明了抵抗异族侵略的决心，但是也将明朝的软肋直接置于异族侵略者的兵锋之下。由于明朝首都和草原距离很近，所以草原上的游牧民族经常会很轻易的打到北京城下。就好比两个人打架，还没有动手就已经把后颈亮给了敌人。如果是一个绝顶高手还可以这么冒险，但事实上朱棣的子孙们比它的老子差的太远，根本称不上雄才大略。
