从建文皇帝的朝廷中，朱棣则得到另一种信息，周王被逮治，张昺、谢贵坐镇北平，齐泰、黄子澄念念有词，所指不言自明。太祖旧时的意向，属僚不断的劝说，朝廷传来的消息，都在推动朱棣起而争夺帝位。如果说还有什么疑虑，那首先就是他的三个儿子朱高炽，朱高煦，朱高燧被派去南京，参加太祖周年祭。有此掣肘之忧，他不敢轻举妄动，只能在府中装病。而朝廷对此事也感为难。齐泰要朱允炆把他们扣留下来，作为人质。黄予澄反对，怕引起朱棣的猜疑，他对形势又一次作出错误的估计。朱允炆采纳黄子澄的意见，把朱高炽兄弟打发回北平。朱棣见到他们，高兴地说，我父子得再相见，真乃天赞。
建文元年(1399)六月，朱允炆发布责备朱棣的诏书，并命令逮捕燕王府属僚。张昺、谢贵督率卫士包围了王府，并在北平9座城门布置了严密防守，形势十分紧迫。朱棣召集亲信属官商议。燕山护卫千户朱能提出，当务之急在擒杀张昺、谢贵；主将死，其军自乱。朱棣很欣赏他的意见，先在殿中设下伏兵，宣称自己病愈，打算乘官僚入贺时，拿下张昺、谢贵。张、谢二人相当警觉，不肯入府。朱棣又把朝廷点名要逮捕的官校捆绑起来，作为诱饵，请张昺、谢贵及朝廷使臣去验收。这次，张、谢二人不能不去了。他们一进王府，就被杀掉。除去此二人，城中官军果然大乱。朱棣手下有两员可任大帅的武臣。一个是上边提到的朱能，他曾从燕王北征，多次立有战功。另个是指挥佥事张玉。他曾任元朝的枢密知院，归降朱元璋后，从战有功，后来调至燕山左护卫，成为朱棣的亲信。杀了张昺，谢贵，朱棣命令张玉，朱能连夜出兵，攻夺9门。黎明时分，已得其8，只有西直门一时难下。朱棣派人到两军对峙处，宣布说，朝廷已经同意燕王自治一方。守门官军闻言而散。接着，朱棣整顿城内秩序，只用3天时间，北平城完全在他的控制之中，成为他稳定的大本营。
明成祖朱棣塑像
七月初五，朱棣正式誓师起兵。他援引朱元璋"朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君臣之恶''的训示，以周公自居，宣布齐泰、黄子澄为奸臣，起兵是为了诛杀齐、黄。
