另外也有为祖先报仇的因素在里面，三国时期司马懿的后人首先灭亡蜀汉政权，汉朝的国祚从此断绝。刘裕是汉朝宗室后裔，对此也是耿耿于怀的了，对司马懿的后人下手也在情理之中的。
其实刘裕并没有马上杀害晋恭帝，但是随着年龄的增长，越发感觉自己的时间不多了。二自己的儿子宋文帝刘义隆只有14岁，担心自己死后，儿子不能掌握政权，被东晋的后裔反攻倒算，可能死无葬身之地，于是下决心杀死已经被废为零陵王的晋恭帝。421年，刘裕指使手下人毒杀晋恭帝，这个司马德文不想喝毒药，怕死后不能转世，士兵们只好用被子闷死了他。这也够奇葩的了。
肉体消灭了废帝后，刘裕仍然不放心，对司马氏皇室家族开始下手屠杀了。
刘裕起家于北府军，他的部下大都是寒门出身，被"门阀士族"压迫已久。既然对司马氏已经下手，为了自身以后的安危，他们积极行动起来，凡是姓司马的都杀，永绝后患。一时间刘宋的国土上司马氏尸横遍野，江南和中原地区的司马氏纷纷逃跑，脱离刘宋的控制区域。
