朝廷很快就得到了消息，御史们纷纷上书，要求朱元璋严查此事。朱元璋也认为此事不能马虎对待，当即下令让张信等12个人组成调查小组，重新阅卷，已经廷试录取的陈安、刘仕谔也在调查小组里。
经过张信等人数日不眠不休的复核之后，终于得到了一个让朱元璋不愿相信的调查结论：之前录取的51人全都是凭真才实学考上的，主考刘三吾和白信蹈并没有徇私舞弊。而且有的北方学子的文章中还有犯忌之语，文理也不是很好，落榜也在情理之中。
这个结论公布之后，再次引起一次轩然大波。北方的考生实在无法接受这个结果，朝廷中的北方官员也接连上书，要求重新选几位官员，再次复核，并对刘三吾等人彻查到底。还有人说张信和陈安是故意选一些不好的试卷呈给朱元璋。
看着越来越不受控制的局面，朱元璋怒火中烧。下诏称主考官刘三吾十几年前曾经给胡惟庸求过情，将其定为''反贼''，而其他人都被认定为''蓝玉余党''，都受到严惩，其中负责二次复核的张信被凌迟，时年85岁的刘三吾因年纪太大只判他发配西北，其他人都被流放。
