但是最终成祖还是立了朱高炽为太子，因为明朝的内阁制度和汉族的封建社会长幼有序制度在某种程度制约着帝王。而且朱高炽作为世子的时候确实没有什么重大的错误，因此废之无名，很重要的一点是朱高炽的长子朱瞻基敏慧异常，深得朱棣的喜爱，著名的文臣解缙曾经以"好圣孙"来说服成祖，成祖终于下定了决心，于公元1404年立朱高炽为太子。
可是在以后几年中，他成了他几个兄弟阴谋的受害者。公元1414年，明成祖刚从征蒙之役返回北京，朱高煦诽谤他的兄长未能为皇帝完成某些任务。皇帝申斥了朱高炽，并囚禁了他的两名最亲密的顾问，即大学士杨溥和黄淮。朱高煦最后在1417年被放逐，作为一个直接威胁而被清除。
1424年7月，65岁的成祖皇帝在北征返京的途中病逝，英国公张辅、阁臣杨荣为了避免朱高煦、朱高燧趁机作乱，因此秘不发丧，将军中的漆器融成一口大棺材，将成祖的遗体装入棺材中，每日还是照例进餐、请安，只是皇帝的车帘再也没有掀开、皇帝也再没有说话，军中一切如常，同时，派杨荣与太监海寿进京密报，朱高炽得知后立即派儿子朱瞻基出京迎丧，由于大臣们的精心安排，总算没有爆发什么叛乱，政权得以平稳过渡。
朱高炽即位后开始了一系列改革，首先赦免了建文帝旧臣和成祖时遭连坐流放边境的官员家属，并允许他们返回原处，又平反冤狱，使得许多冤案得以昭雪（如建文忠臣方孝孺的"诛十族"惨案，永乐朝解缙的冤案都在这一时期得到平反），并恢复一些大臣的官爵，从而缓和了统治集团内部的矛盾。
