2019年9月，张琦被立案审查调查并采取留置措施。
由于他儿子涉案金额巨大，中国向全球发出了红色通缉令，张琦这才深感后悔。
张琦（海南省委原常委、海口市委原书记）：我特别后悔这件事，也希望对我儿子说，现在还年轻，不要自暴自弃，能尽快地回国投案自首。
马伟（中央纪委国家监委机关工作人员）：他后期实际上非常后悔让儿子出逃，他希望在接受审查期间，能够把儿子劝回来，他给儿子发了几十条微信，但儿子始终没回，他感到比较伤心。
张岩至今背负红通在海外东躲西藏，在张琦授意下外逃的多名老板却很快认清了形势，纷纷主动回国配合调查。当权钱交易一笔笔被查清，张琦才反思自己给妻子儿子带来的究竟是什么，自己的父母又是如何要求自己的。
张琦（海南省委原常委、海口市委原书记）：对不起我93岁的老父亲和87岁的老母亲，我妈妈特别讲，不能拿人家钱，不能要人家钱，不能要人家东西。有一次我老婆去商场买东西，拿着购物卡，她陪我妈妈一块购物，我妈妈看到以后就问她这购物卡哪里来的，我老婆说人家送的，我妈妈当时扭头就走，让退回去。
张琦（海南省委原常委、海口市委原书记）：是我毁了这个家庭，本来是一个上有老下有小，美满的四代同堂的家庭，现在支离破碎。作为一个男人，要忠孝吧，我现在不仅不能为国家尽忠，而且成了国家的罪人，尽孝也尽不了。
违规推动“海花岛”项目
造成大面积珊瑚礁和白蝶贝被永久破坏
2021年1月27日，《中国纪检监察报》刊文披露，张琦利用担任海南省三亚市人民政府副市长，海南省旅游局局长，儋州市人民政府市长，儋州市委书记，海南省委常委、三亚市委书记、海口市委书记等职务上的便利，他滥用公权、以权谋利，巧立名目填海造地、违规开发，把土地资源变成肆意切割的蛋糕、捞钱赚钱的工具，是“靠地敛财”“坐地生财”“借岛发财”的典型。
为了谋求政绩，张琦不惜牺牲土地、海洋资源和生态环境。任儋州市委书记时，他违规推动海花岛项目，涉及填海总面积783公顷。
在他的极力推动下，儋州市政府及海洋部门通过“化整为零”的方式，将填海项目拆分成36个面积小于27公顷的子项目瞒天过海，使得不过关的项目得以推进，该禁止的项目得以审批，造成大面积珊瑚礁和白蝶贝被永久破坏。
根据简历，张琦2008年任儋州市长，2010年至2014年担任儋州市委书记。
2017年，中央第四环境保护督察组向海南省委、省政府进行反馈督察意见时指出，海南海域岸线自然生态和风貌破坏明显。沿海市县向海要地、向岸要房等情况严重，对局部生态环境造成明显影响或破坏。首个被点名的问题就是“儋州市政府及海洋部门化整为零违规审批海花岛填海项目，项目施工造成大面积珊瑚礁和白蝶贝受损”。
海花岛航拍图 图片来源：视觉中国
2018年《海南省贯彻落实国家海洋督察反馈意见整改方案》披露，2013年，儋州市政府及海洋部门在海花岛项目用海审批过程中，未进行关联性审核，对恒大集团旗下5家子公司申请的36宗项目分三批进行确权，共批准填海783.57公顷。上述审批所涉各单宗项目的地理位置紧密相连邻。项目备案号相连、海域使用权人具有关联性，且批准用海面积均不超过27公顷，规避国务院审批。
