不光如此，朱元璋看到朱棣在朝中的实力日益扩大，忌惮他威胁到朱允炆的地位，反而出面警告朱棣，朱棣虽然心里很委屈，觉得父皇偏心，但是迫于父皇的淫威，也只能忍气吞声，收敛锋芒了。朱元璋驾崩之后，朱允炆知道自己根基尚浅，恐怕难以服众。于是朱允炆登基第一件事情就是削藩，但是削藩这件事触及到了朱棣的根本利益。朱棣也知道朱允炆这是在针对自己，与其削藩后郁郁而终，不如趁此机会起兵造反。于是打着"清君侧"的名义，从自己的封地起兵，攻打都城南京。
最后朱棣顺利夺取了朱允炆的皇位，但是在攻入皇宫的时候，朱棣发现了朱允炆留下的一道圣旨，内容大概是：四叔并非真心造反，所以你们在跟其作战时不要用冷箭伤害他。这个时候的朱棣才反应过来自己起兵造反的时候为何会如此的顺利，甚至自己全身上下都没有受过一点伤。原来是因为侄子朱允炆跟他父亲一样有一个仁慈之心，不忍心伤害他。朱棣想到此处不由得失声痛哭：侄子啊，叔叔对不起你呀。父皇害得我好苦，你这么偏心，对自己的孙子这么好，却对我如此的不公平。要不是你，我也不会起兵造反，担上这个千古骂名！
