但两者比较起来，明朝更重视的显然是北虏，毕竟蒙古人曾经有过建立大元帝国的辉煌历史，而倭寇虽然频繁袭扰沿海各地，却也还达不到动摇统治的地步。
从朱元璋时代起，明帝国就一直不遗余力地打击、削弱蒙古各部落。
那时，以元顺帝为首的元朝残余势力逃回蒙古草原，依然以元为国号，历史上称为北元。而且云南的苍山洱海，还有以元朝宗室的梁王势力，时不时地牵制着新生明帝国的军事决策。
后来，朱元璋今天派徐达、明天派常遇春、后天派蓝玉，不仅肃清了大后方的云南，而且硬生生地打残了北元的正式编制，忽必烈一系的黄金家族，逐渐失去了对蒙古草原的控制力，分化为鞑靼、瓦剌和兀良哈几股分裂的势力。
