尽管有着这一层亲戚关系，但靖难之役发生时，徐辉祖仍然选择支持建文帝。甚至他还向建文帝提议，扣押朱棣的三个儿子为人质。他认为："三甥中，独高煦勇悍无赖，非但不忠，且叛父，他日必为大患。"
可惜最后建文帝没有采纳，还是放虎归山。后来朱棣的军队势如破竹，其中最勇猛的当属朱高煦。建文帝见到此情此景，忍不住说道："吾悔不用辉祖之言！"
建文四年，此时战争已经陷入白热化阶段，建文帝再次命徐辉祖北上退敌。在与燕军大战之后，徐辉祖接连获胜，形势一片大好。然而此时朝廷传出闲言闲语，说徐辉祖念及朱棣是自己姐夫，从而不肯拼尽全力。
