鉴于光绪被慈禧软禁之事实，二人驾崩的消息一出，当时即有各种传闻，后世的争论就更多了。
清末曾在宫中担任过两年女官的德龄女士，后到国外写了本《瀛台泣血记》，很断然地说："万恶的李莲英眼看太后寿命已经不久，自己的靠山快要发生问题了，便暗自着急起来。他想，与其待光绪掌了权来和自己算帐，不如还让自己先下手为好．经过了几度的筹思，他的毒计便决定了。"
这是说光绪是被李莲英所害死。德龄的书很不可靠，但此说流传却最广。
溥仪则在《我的前半生》一书中说："我还听见一个叫李长安的老太监说起光绪之死的疑案；照他说，光绪在死的前一天还是好好的，只是因为用了一剂药就坏了，后来才知道这剂药是袁世凯使人送来的……。据内务府某大臣的一位后人告诉我：光绪死前不过是一般的感冒，他看过那些药方，脉象极为平常，加之有人前一天还看到他象好人一样……病重消息传出不过两个时辰，就听说已经'晏驾'了。……还有一种传说，是西太后自知病将不起，她不甘心死在光绪前面，所以下了毒手。这也是可能的。"……
溥仪根据其在宫中所闻，也认为光绪系死于非命。而幕后主角，可能是袁世凯，也可能是慈禧太后。
