孔融何等聪明，知道曹操、袁绍日后肯定要自立为王，对汉室十分忠诚的他不愿意投靠二人。当时有幕僚劝说他投靠曹操或者袁绍，结果被他杀了。虽然孔融有才，立志平定国家危难，但是他思想空乏，难成大事。公元196年，袁谭攻打北海，孔融率军与他激战了数月。城内已经打起来了，孔融却在读书，谈笑自若。当北海沦陷后，他才连夜逃到了太行山以东，其妻儿都被敌人俘虏。
不久，汉献帝迁都许昌，孔融再次被任用，受到了皇帝的重用。他曾多次讥讽曹操，言词中多为傲慢无礼。曹操本来就是一个心胸狭隘的人，孔融的无礼行为自然被他记上了小本本，只是孔融名重天下，表面上只能容忍他，背地里却担心他阻止自己的大业，想除之而后快，终于等来了机会。
208年，曹操指使手下列了孔融一大堆罪名，下令将他逮捕入狱。9月26日，他下令处死了孔融。孔融死后，许昌没有人敢为他收尸。他被杀时55岁，儿子才9岁，女儿7岁，寄居在别人家里。听说父亲被捕时，两个孩子正在下棋，不为所动。旁边的人很疑惑，对此兄妹俩的回答是"巢穴毁了，哪有卵不破的呢？"后来曹操得知孔融还有2个孩子活着，决定斩草除根。面对前来捉拿他们的人，兄妹俩很淡定。妹妹对哥哥说："如果死者有知，能见到父母，这不是我们最大的愿望吗？"说完，他们俩就自杀了。时人听说后，无不为之动容和悲伤，很钦佩他们。再后来，兄妹俩的故事诞生了一个成语--覆巢之下，安有完卵。
