此前，根据《日美地位协定》，美军入境日本时无需接受日本检疫，这意味着美军入境日本时不需要接受新冠病毒检测，仅有10天的行动限制，并且在这10天内，美军还是可以在基地附近活动。
12月6日，冲绳县知事玉城丹尼控诉称，美军基地是导致疾病传播的主要原因之一。1月2日，据《琉球新报》报道，他再次召开记者会，抗议称，驻日美军军营内的疫情已经外溢，这显示出美军防疫措施和管理不到位，他感到“非常愤怒”。
玉城丹尼指出，最新研究证实，驻日美军已经把奥密克戎毒株传播至冲绳县。他怒斥道：“不要把美国的疫情带到日本，更不要带到冲绳。”
玉城丹尼进一步指出，这实质上是《日美地位协定》带来的“结构性问题”。他呼吁，应当修改协定，取消美军相关“特权”。
另据时事通讯社报道，山口县知事村岡嗣政也指出，美军入境时没有进行检测，产生了很大影响。 广岛县知事汤崎英彦也批判美军说：“这是极其令人遗憾的事情。”
日本岩国基地部署的F-35战斗机
12月22日，日本政府终于向驻日美军提出抗议，但直到12月30日，驻日美军才推出部分措施，承诺在出发前72小时内和入境后24小时内进行检测，然而，时事通讯社称，此时为时已晚，本地传播已经形成。
1月6日，在巨大舆论压力下，日本外务大臣林芳正与美国国务卿布林肯通电话，要求驻日美军采取更严格的防疫措施。林正芳称：“我们强烈要求加强外出限制等措施。”布林肯则回答称，将尽力而为。
同一天，日本首相岸田文雄在首相官邸接受采访时，依旧不愿承认是美军传播病毒。他告诉记者，“目前很难确定”病毒起源于美军的说法，但强调他已指示外务大臣林正芳，在7日举行的外长防长日美安全保障磋商委员会（2+2）会议上进一步敦促（美国）采取严格措施。 他说：“我想向美方发出坚定的呼吁，获得（公众）的理解。”
1月6日，驻日美军终于宣布加强部分预防感染的措施，包括在基地外强制戴口罩等，但显然为时已晚。面对刷新纪录的病例，冲绳知事玉城丹尼7日回应称，“语言已经无法形容。这个数字可能会保持高位，甚至可能增加。 所以我们必须考虑如何能更快地做出反应。”
时事通讯社直言，“日本政府热衷于平息局势。如果日本政府不采取强硬立场，批评的矛头不仅会指向美国军方，也会指向政府。”
驻日美军“引爆”疫情后，东京、大阪等市病例也不断激增，日本全国迅速陷入第六轮疫情。6日，日本全国新增病例突破4000例，7日更是突破5000例，创下去年9月17日以来新高。日本医师会会长中川俊男6日在记者会上警告称，“全国范围已进入第六波”，“医疗机构有可能应对不过来”，将与当地医师会合作加紧应对。
1月5日，外交部发言人汪文斌回应驻日美军军营内疫情外溢时指出，驻外美军凌驾于驻在国法律之上，不尊重、不遵守当地防疫规定，漠视驻在地人民生命健康和公共卫生权利，一而再、再而三成为病毒“超级传播者”，这是对美方声称的要在全球抗疫中发挥“领导力”的莫大讽刺。美方应当深刻检讨自身行为对国际抗疫合作造成的负面影响，严格约束驻外美军行为，对世界各国人民生命健康采取尊重和负责任态度，不要做全球抗疫的反面典型。
