后来侯君集跟尉迟恭协助李世民发动玄武门之变，李建成与李元吉被杀。李世民登上皇位后，侯君集被任命为左卫将军，后来被提拔为兵部尚书，逐渐进入权力中心。之后他更是走向了人生的巅峰。他跟随名将李靖征讨吐谷浑，侯君集克服艰难险阻，翻越雪山、踏过草地，辗转经过两千多里路，打败吐谷浑，战功满满。
后来他率领军队踏过两千多里的沙漠，征讨西域高昌国，经过一段时间的奋战，高昌国终于灭亡了。但是他在攻打高昌国的时候私藏宝物，所以回国后他不仅没有得到封赏，反而被捕入狱，所以他就开始心生怨恨。出狱后，便勾结将军张亮意欲谋反，后来有人告发他，但是唐太宗没有收拾他，还将其列入凌烟阁功臣。即便如此，侯君集还是忿忿不平，他又怂恿太子谋反。
太子李承乾整日沉溺酒色，唐太宗很厌恶他，想要废掉他的太子之位。眼看太子之位将不保，李承乾就和侯君集密谋造反。可是，纸里包不住火，他们的阴谋终被暴露，侯君集被处死，不过没有株连九族。因为唐太宗顾念侯君集曾立下的功劳，所以之将妻小流放到海南岛。
