取得统治地位后的噶尔丹就开始整顿部族，逐渐地将权力集中到自己的手里。当时的漠西蒙古一共分为四个部落，分别是准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部。各部落虽为联盟，但是都是各自为政，体制十分的松散。于是当上部落首领之后的噶尔丹，想要开启自己的统一大业。
他带领军队四处向外扩张，依靠着强大的军事力量，征服了其他三部，统一了整个漠西蒙古。在此之后，志向远大的噶尔丹，想要成就曾经成吉思汗时期蒙古帝国的辉煌。
他不满足于一统漠西的成就，开始向漠南和漠北进发，想要将整个蒙古族部落，一一纳入版图。但是清朝开始后，经过50年斗争，将东北的的土地全数归自己统治，到了顺治年间，贝加尔湖以及以东的地区，被清朝统一，为了进一步的扩张势力范围，噶尔丹首先征服了位于南疆盆地的回族部落和西边的哈萨克部落。虽然在向西扩张的时候，受到了挫折。但是噶尔丹并没有选择放弃，而是派遣使者警告哈萨克部族："如果不自己前来投降，我将每年派兵攻打，直到我白发齿落为止"，可见噶尔丹的决心之大。
