随着明朝的灭亡，锦衣卫一些为国而战死，一些归降清朝，最后成了皇帝的仪仗队，其实还是有一部分离开了中国，流亡海外，清朝建立以来，地方许多光复明朝的反清运动一波接着一波，其中就有明朝皇室后裔朱由榔在清朝东南沿海一带建立南明王朝，锦衣卫也一直相随，但是清朝建立以来，早已国富民强，这个小的王朝还没稳定，就被清剿的清军击溃，朱由榔率领锦衣卫等一众被迫流亡海外，被清军追赶，仓皇的逃至缅甸境内，准备东山再起。
当时的缅甸也是小国，不敢对抗大清王朝，缅甸国王心里早已打算将朱由榔等人交给清廷，于是假装结盟，彼此喝咒水起誓，派出使臣去请朱由榔等文武大臣议事等他们一到约定地点，便被缅甸军队包围，朱由榔的锦衣卫们奋起反击，奈何缅军人多势众，最终战死，朱由榔被俘，最后被缅甸国王交给清廷。明朝最后的锦衣卫也随着这场战争的结束，跟随着南明王朝一起消失在了异国他乡。
