导致蒙元迅速失败的第二个原因就是其糟糕的民族政策。忽必烈时代制定了一个分治四等人的民族政策："其长则蒙古人居之，而汉人、南人贰焉。"把民族分成四类，蒙古人成了最高等的不劳而获者，居统治阶层，属社会地位最高、政治待遇最优的特权等级；第二等是色目人，含西域、中亚、阿拉伯、东欧等较早被征服地区的民族，属地位较高的统治阶层；长江以北地区的汉人、契丹人、女真人、西夏人、渤海人为第三等级；长江以南地区的汉人，也就是原南宋统治之民，被一律视为"南蛮"而遭打压。南人处于社会最下层，为第四等人。
元朝律法规定：蒙古人与汉人发生纠纷后杀死汉人，只需要赔偿一头驴或两只羊就可完事；而汉人若杀死蒙古人则要偿命，有时甚至亲族都会被牵连而遭诛杀。南方汉人每五户合用一把菜刀，若出事，则联保的人必受严惩。元廷还依人所从事的职业实行了严格的身份等级制："一官、二吏、三僧、四道、五医、六工、七猎、八娼、九儒、十丐"为不同职业等级。身为知识分子的儒者居然排在倒数第二的位置，社会地位甚至不如娼妓。
蒙元这种不得人心的民族歧视政策，导致社会等级森严，民众怨气丛生。人分三、六、九等，似乎是这个以铁血征服者面目出现的偌大帝国迅速走向衰亡的主因。自古道"得人心者得天下"，蒙元这么不得人心，其失败也是必然。到了朱元璋反元的时候，元军主要是由色目人、汉人、契丹、西夏人，由于本来就对元朝不满，到了这时候更是出工不出力，出身底层的汉人的一触即溃和临阵倒戈已经成了常态，这样的军队怎么能打胜仗？
最后，从反元武装来看，朱元璋等人的骑兵同样训练有素，而且使用了很多当时较为先进的火器。而元朝方面更迷信一些冷兵器，这样一来自己的士气就不行，战斗力大量下降，装备还不好。这么一看，如果蒙元还能成为常胜军队那真是没天理了。
