如今有许多人将袁崇焕称为民族英雄，因为他率部对抗后金，并取得了"宁远大捷"和"宁锦大捷"的胜利。但袁崇焕擅杀毛文龙对明朝所造成的实际损害，其实远远超过了他所做出的一切贡献。所以，英雄的称号对袁崇焕来说，有点言过其实了。
毛文龙死后，其手下的官兵失去了主帅，渐渐人心涣散，完全失去了原有的战斗力，后金背后的"尖刀"自行瓦解。三个月后，没有后顾之忧的后金，出动主力部队绕过明朝在辽东的防线直扑北京，并在北京城下和明军展开了一场激烈的决战，史称"己巳之变"。后来，后金退兵，但崇祯皇帝和许多朝廷官员都认为，后金之所以能长驱直入，和袁崇焕有脱不开的关系。最终，袁崇焕被以擅杀主帅（毛文龙）、纵敌长驱等罪名，被凌迟处死。
不过，毛文龙之死的影响远不止如此。毛文龙手下有一批强悍的将领，如孔有德、耿仲明、尚可喜。毛文龙死后，这些将领带着部队如丧家之犬，在多地兴风作浪，之后相继投靠了后金（1636年改国号为大清）。孔有德被封为恭顺王，耿仲明被封为怀顺王，尚可喜被封为智顺王。清朝一共有五位汉人被封王，毛文龙手下就占了三位。后来，清军入关，这几人带着他们的汉军成为了南下中原的开路先锋。
