官府越是压，民怨就越大，竟然传到了南京朱元璋的耳朵里，朱元璋听完整个案件陈述气炸了，立刻让锦衣卫去调查。锦衣卫查来查去最后查到了朱檀两口子身上，朱元璋怎么也没想到是自己的儿子儿媳捅出这么大的篓子，火速将朱檀夫妇催回南京，朱檀刚到南京气还没喘一下朱元璋就开始审问他们。
朱元璋知道了采花贼案来龙去脉后，认定汤氏是主谋，负主要责任，朱檀也是刚知道事情经过不久，负次要责任，至于那些方术就更加可恶，如果不是他们妖言惑众迷惑朱檀世界有长生不老药，还骗他用99个男孩下体治疗长生不老药副作用，这一切的一切也就不会发生，朱元璋也罚他们凌迟处死。
朱檀虽然是从犯，但死罪可免活罪难逃，按照古训"公族既犯宫刑，当髨去其发"被罚以髡刑。朱檀由于犯的错误比较重大，普通的拔光头发不足以平息受害男孩家属怒气，朱元璋让人剐掉了朱檀全身毛发才算数。朱檀受完刑光溜溜地回兖州，还没过几天舒服日子，他就受到了乱吃药的报应，身体因为中毒过深，眼睛瞎了，小命也没保住，1390年1月2日去世，年仅19岁。
