三年后，有人传言，攻占洛阳的史军将士皆幽州、朔方人，思乡心切，兵无战心。手握大军的鱼朝恩却信以为真，屡次上言肃宗，请命李光弼率军攻取洛阳。结果邙山之战，官军大败，河阳、怀州失守，鱼朝恩狼狈逃回陕州。后来，唐军收复洛阳，反而封他为冯翊郡公，开府仪同三司。
唐代宗即位后，吐蕃兵进犯泾州，代宗出逃陕州，刚好鱼朝恩率陕州军相迎，以保驾有功，封为天下观军容使，并统率京师神策军。
他也是第一个掌握神策军的宦官。
此时的鱼朝恩的自我膨胀已经达到巅峰了，仗着跟皇帝的亲近关系有恃无恐。
鱼朝恩与程元振不停地在代宗面前诋毁郭子仪，以至于皇帝对郭子仪的信任也动摇了，这个时候，皇帝把鱼朝恩和其他功臣的画像挂到了凌烟阁中。凌烟阁中从此多了两个宦官，另一个是程元振。
但吐蕃入侵这件事上，程元振隐瞒军情不报，导致敌人打到鼻子底下了代宗才知道真相，不得不撤离长安，长安陷落，唐朝的尊重被打落在地。这一次又仰赖郭子仪与吐蕃周旋，虚张声势里应外合收复了长安，这下子代宗明白了，办事还得靠郭子仪。靠程元振不行，但是鱼朝恩却在这件事上立功了，受益了。
鱼朝恩非常专权，好主观，一般的公卿不敢抬头看他。宰相大臣决定政事时，不先和他讲，他便瞪大眼睛说："天下之事，怎么不由我？"因而，代宗皇帝很厌恶他。
鱼朝恩的小儿子鱼令徽，才十四五岁，开始时在内殿当差。皇帝因为鱼朝恩的缘故，特赐绿衣（五品以下官员穿着）。不到半月，有一次鱼令徽和同列黄门侍郎（职位在令徽之上，按次序应站在令徽之前）争路。鱼令徽怕落在后面，往前挤，不知是谁误碰了一下鱼令徽的臂膀。他就急速跑回去告诉鱼朝恩说，因为他的班次在后，被同列者欺负。
