杨秀清死后，洪秀全似乎对其念念不忘，而且依旧赞许有加。太平天国军师、干王洪仁玕曾当众慨叹"过去东王在世时，拓土开疆，犹有日辟百里之势"，洪仁玕是洪秀全的族弟，他有此一说，足见洪秀全心思。随后，洪秀全竟追悔东王绝后，将膝下第5子过继到杨秀清名下，为其传承香火。由恨化悔，足以说明杨秀清之死定有内情。
在清人文书及太平天国史料的记载中，进驻天京之前，东王杨秀清因"佐事严整，谙知兵法，人心佩服"，而稳居诸王之首，不仅节制诸王，更因被赋予"假托天父附身"的特殊身份，令洪秀全也不得不让其三分。而这一身份，却恰恰是致使杨秀清沦为众矢之的，整个东王府被灭的祸根。
洪秀全率诸王落脚天京后，杨秀清被指频频使用"天父下凡"巧取豪夺，图谋诸王，且试图遏制洪秀全。尤其清军江南大营被攻破后，杨秀清竟然糊涂到讨要"万岁"之封，且要"世代万岁"，忍无可忍的洪秀全终于一怒而发密诏，命北王韦昌辉清理门户，东王阖府一夜之间就被斩草除根。这里有处细节，韦昌辉何以能得到洪秀全的信任，执行如此绝密的诛杀令？
